西南交通大学高度重视研究生培养质量，积极探索研究生培养规律，制定了《西南交通大学研究生培养基金管理办法》、《西南交通大学研究生奖(助)学金评选办法》和《西南交通大学研究生奖(助)学金管理和发放办法》，这些文件将从2008级研究生入学起开始执行，以此为标志，拉开了研究生培养机制改革的序幕。
 
根据《西南交通大学研究生培养基金管理办法》，学校取消了往年“自费”和“公费”的划分标准，而是根据学生在校成绩和表现情况，发放不同数额的奖助学金。全日制非定向研究生每年可申请一次奖助学金，评选上的研究生将获得全额或部分学费（奖学金）；而助学金的发放由原来的公费研究生每月200元左右，改革为500元、300元和100元三个奖励级别。在校博士生和硕士生享受奖助学金的年限分别为4年和2.5年，助学金每年按12个月发放。

研究生培养基金的申请评定办法主要分为以下两种：一是被录取的研究生在入学报到前，可经导师向所在院（系）申请培养基金，由评定委员会评定等级，并将评定结果随录取通知书寄送给本人；二是在每学年结束前，导师将对其指导的所有研究生进行考核，再根据考核结果向学院申请下一学年度的培养基金。在学期间学术行为不端、违反校纪校规、休学、退学或是导师认为未能履行其助研或助管责任的研究生将被取消奖助金评定资格。

随着研究生培养机制改革的逐步展开与深入，学校研究生教育从招生、培养到授予学位的各个环节将发生深刻变化，从而构建更加科学合理的研究生培养机制，提高研究生的培养质量。